На институционалном нивоу Балканолошки институт САНУ је потписао споразум о сарадњи са:

• Institute of Balkan Studies and Centre for Thracology, Bulgarian Academy of Sciences, Sofia
• Institut d’Etudes Sud-Est Européennes, Académie roumaine, Bucarest
• Association internationale d’Etudes du Sud-Est Européen
• Институт славяноведения Российской академии наук, Москва
• Institute of Historical Research, Department of Neohellenic Research, Athens
• Institute for Balkan Studies, Thessaloniki
• Harry S. Truman Research Institute for the Advancement of Peace, Hebrew University of Jerusalem
• Università degli Studi Roma Tre, Facoltà di Scienze Politiche, Roma
• Институт за етнологију и антропологију „Миклухо Маклај“, Руска академија наука и уметности
• University of Oslo, Department of literature, Area Studies and European Languages
• Research Centre for the Humanities, Hungarian Academy of Science, Budapest
• Institut Ausonius, Université Bordeaux-Montaigne
• Academia de Științe din România, Cluj-Napoca
• Istorijski institut Crne Gore, Podgorica
• Народни Музеје Кикинда
• Међуопштински завод за заштиту споменика културе Суботица
• Ecole française d’Athènes
• Филозофски факултет у Новом Саду
• Mission du centenaire de la Première Guerre mondiale, France, Paris
• Humboldt-Universität zu Berlin - Sprach- und  literaturwissenschaftliche Fakultät - Institut für Slawistik und Hungarologie
• Università degli Studi di Milano, Dipartimento di Studi Letterari, Filologici e Linguistici
• International Committee of Historical Sciences

Издавачке куће са којима је Балканолошки институт САНУ остварио сарадњу  при објављивању едиције Посебна издања и заједничких издања:

1. Aрхив Југославије, Београд
2. Centar za balkanološka ispitivanja Akademije nauka i umjetnosti BiH
3. Department of History, University of California, Santa Barbara
4. Faculty of Orthodox Theology, University of Belgrade
5. Hoover Institution, Stanford University, Stanford, California
6. NOVA d.o.o.
7. Клио
8. Sebastian Press, USA
9. The Episcopal Council of the Serbian Orthodox Church in North and South America
10. Академија наука и умјетности Босне и Херцеговине
11. Академија наука и умјетности Републике Српске
12. Археолошки институт Београд
13. Архиепископија охридска и Митрополија скопска, Битољ
14. Билиотека града Београда
15. Галерија Матице српске, Нови Сад
16. Географски факултет Универзитета у Београду
17. Градски музеј, Сомбор
18. Друштво историчара уметности Србије
19. Завод за уџбенике, Београд
20. Издавачка кућа Драганић
21. Издавачко-новинска радна организација ЈЕДИНСТВО
22. Издачвачко предузеће Клио
23. Институт за књижевност и уметност, Београд
24. Институт за историју,Нови Сада
25. Историјски институт, Београд
26. Манастир Хиландар
27. Матица српска, Одељење за ликовне уметности
28. Матица Српска, Одељење за друштвене науке
29. Међуакадемијски координациони одбор за балканологију савета академија наука и уметности СФРЈ
30. Међуодељенски одбор Српске академије наука и уметности за проучавање Косова и Метохије
31. Народна библиотека Србије
32. Народни музеј Краљево
33. Прометеј
34. Просвета, Београд
35. Просвета, Ниш
36. Свети архијерејски синод Српске православне цркве
37. Светови, Нови Сад
38. Универзитет у Београду, Фиозофски факултет
39. Универзитет у Београду, Фиолошки факултет
40. Универзитет у Крагујевцу, Центар за научна исграживања
41. Универзитет у Новом Саду, Филозофски факултет
42. Чигоја штампа
43. Brill Academic Publishers, Germany

https://www.balkaninstitut.com/medjunarodna-saradnja/69/2015/08/30/srpski-komitet-aiesee---association-internationale-detudes-du-sud-est-europeen.html

Истраживачи Балканолошког Института Српске академије наука и уметности учествују у пројектима са следећим институцијама и универзитетима:

• Association française d’études sur les Balkans, Paris
• Универзитетски колеџ у Лондону, Школа Славонских и Источноевропских студија
• Центар за Балканске студије, Голдсмитс, Универзитет у Лондону
• Сапиенца - Универзитет у Риму, Facoltà di scienze umanistiche, Dipartimento di storia moderna e contemporanea, Рим
• Université de Nancy, Le Centre de Recherche Universitaire Lorrain d’Histoire
• Mission du centenaire de la Première Guerre mondiale, France, Paris
• Anthropologie et Histoire des Mondes Antiques (ANHIMA)
• Institut français de Serbie
• École Pratique des Hautes Études, Paris
• Универзитетски колеџ Корк
• Универзитет у Астону
• International Dialogue Center KAICIID
• Државни Универзитет Санкт Петерсбург, Русија
• Humboldt Universität zu Berlin
• Universitatea de Vest din Timișoara, Romania
• L’Annee epigraphique, Paris
• Универзитет Цирих,, Словенски семинар
• Универзитет Софија “Св. Климент Охридски”, Бугарска
• Аустријска академија наука, Беч
• Фридрих-Шилер Универзитет Јена
• Institut Ausonius, Université Bordeaux Montaigne, Bordeaux
• CIHA - Comite International d`Histoire de l`Art
• AISSCA - L’Associazione italiana per lo studio della santità, dei culti e dell’agiografia
• UNED - Universidad Nacional de Educación a Distancia
• CIS - Centar za ikonografske studije, Filozofski fakultet u Rijeci
• Dipartimento di Scienze della formazione, dei beni culturali e turismo,Università di Macerata
• RSA – The Renaissance Society of America
• IAS – Italian Art Society
• Универзитет у Дублину
• Универзитет у Висконсину - Лакрос
• Универизитетски колеџ Лондон, Институт за археологију
• Универзитет у Барију, Алдо Моро, Департман политичких наука
• Византијски и хришћански музеј, Атина
• Национална галерија Умбрије, Перуђа
• Македонска академија наука и уметности
• Филозофски факултет Универзитета у Београду
• Филозофски факултет Универзитета у Новом Саду
• Музеј науке и технике, Београд
• Градски музеј, Вршац
• Музеј у Неготину
• Филолошки факултет Универзитета у Београду
• Филолошко-уметнички факултет Универзитета у Крагујевцу
• Матица српска, Нови Сад
• Галерија Матице српске
• Покрајински завод за заштиту споменика културе Петроварадина
• Народни музеј, Београд
• Вукова фондација, Београд
• Фондација Доситеј Обрадовић, Београд